Заседание проходило в закрытом режиме, в отсутствие прессы и слушателей. Прокуратура утверждала, что в материалах есть данные, составляющие гостайну. Адвокаты объединения «Команда 29», которое представляло интересы организаций, подавали встречный иск о рассекречивании дела, который суд отклонил. Также представители ответчиков требовали суд разъяснить, могут ли ознакомиться с секретными материалами сами сотрудники ФБК; судья Полыга также отклонил соответствующее ходатайство.
Внести организации Навального в список экстремистских потребовала 16 апреля прокуратура Москвы. «Под прикрытием либеральных лозунгов эти организации занимаются формированием условий для дестабилизации социальной и общественно-политической ситуации. Фактическими целями их деятельности является создание условий для изменения основ конституционного строя, в том числе с использованием сценария «цветной революции». При этом этими структурами осуществляется деятельность иностранных и международных организаций на территории Российской Федерации, в отношении которых принято решение о признании их деятельности нежелательной», — говорилось в сообщении ведомства.