Анатолий Николаевич Зайко родился 30 апреля 1955 года в поселке Башкино Наро-Фоминского района Московской области.
В 1977 году окончил Московский инженерно-строительный институт имени Куйбышева по специальности «Промышленное и гражданское строительство».
В 1977-1981 гг. работал мастером, прорабом, начальником строительно-монтажного управления (СМУ).
В 1981-2003 гг. проходил службу в Вооруженных силах РФ. Последние годы руководил инспекцией государственного архитектурно-строительного надзора Министерства обороны РФ. Воинское звание - полковник.
В 2003 году был назначен начальником инспекции государственного архитектурно-строительного надзора Москвы.
С 2006 года занимал должность председателя комитета государственного строительного надзора Москвы.
Удостоен звания «Заслуженный строитель Российской Федерации», награжден орденом «За службу Родине в Вооруженных силах СССР» III степени и медалями. Является Почетным строителем России.