Ранее эти машины использовались в парке тайваньского регионального оператора Uni Air, филиала авиакомпании EVA Air.
Сейчас в парке "Якутии" числятся четыре современных Bombardier Q400. Первую машину этого типа авиакомпания получила в феврале 2013 года. Bombardier были выбраны в качестве альтернативы Ан-24 и Ан-140.
Кроме самолетов Bombardier парк "Якутии" состоит из пяти Boeing 737-500, трех Boeing 737-800, двух Boeing 757-200, одного Boeing 757-200F, четырех Ан-140-100 и двух Sukhoi Superjet 100 (SSJ 100).