Авиарейс по маршруту Нерюнгри – Москва (Внуково), назначенный на 15 декабря 2010 года, был выполнен с задержкой почти на 33 часа из-за неисправности воздушного судна "Боинг-757". При этом компания не обеспечила размещение пассажиров в гостинице.
12 января 2011 года из-за неблагоприятных метеоусловий был отменен рейс по маршруту Сунтар – Якутск. Рейс был выполнен только 15 января 2011 года, однако при этом авиакомпания в нарушение федеральных авиационных правил самовольно изменила маршрут, из-за чего четверо пассажиров, имевших на руках билеты, не смогли улететь.
До этого Арбитражный суд РС(Я) привлекал авиакомпанию «Якутия» к административной ответственности в феврале этого года - за задержки рейсов летом 2010 года.
