В 2002 году на базе авиакомпаний «СахаАвиа» и «Якутские авиалинии» было создано государственное унитарное предприятие «Авиакомпания «Якутия». 21 января 2003 года был выполнен первый рейс на самолете ТУ-154М по маршруту Якутск – Москва – Якутск под собственным кодом «ЯК». Эта дата вошла в историю республики и российской авиации, как день рождения авиакомпании «Якутия».
Со дня создания акционерное общество «Авиакомпания «Якутия» прошла путь по внедрению в эксплуатацию целого ряда самолетов отечественного и иностранного производства: Ту-154, Ан-24, Boeing-757, Boeing-737, Bombardier Q400. «Якутия» стала первой из дальневосточных авиакомпаний, которая освоила новый отечественный самолет Sukhoi SuperJet 100, а также стала пионером по части эксплуатации воздушных судов Bombardier Q300 в субъектах Дальневосточного федерального округа.
«Якутия» с мая по август 2021 года была единственной авиакомпанией, которая совершала полеты с субсидированными билетами. За указанный период данной возможностью воспользовалось почти 30 тысяч пассажиров. В настоящий момент реализованное количество билетов с января по декабрь 2021 года превысило 95 тысяч.
