Уголовное дело в отношении сотрудников ФГУПа расследовало Московское межрегиональное следственное управление на транспорте СКР. Обвиняемыми по делу стали Николай Лубенцов и Алексей Губин, которые входили в приемную комиссию и подписывали акты о якобы выполненных работах по ремонту двух объектов во Внуково — очистных сооружений поверхностных стоков и площадки для обработки самолетов противообледенительной жидкостью. Следствие по делу велось три с половиной года.
По версии следствия, Губин и Лубенцов достоверно знали, что подрядчик не выполнил работы, но в июле 2015 года подписали ему акты приемки. После этого оба объекта были введены в эксплуатацию, но руководство аэропорта заявило, что ремонт не помог и площадка вместе с очистными сооружениями находятся в нерабочем состоянии. Тем временем исполнитель уже получил деньги и устранился от решения проблемы.
Так как деньги на ремонт были выделены в рамках ФЦП «Развитие транспортной системы России (2010–2015 годы)», то следствие сразу взялось за дело и установило виновных лиц. При этом оба объекта в аэропорту по-прежнему невозможно эксплуатировать.
По делу также был задержан главный специалист отдела строительного контроля ФГУП «Администрация гражданских аэропортов» Дмитрий Смирнов, но он, в отличие от коллег, признал вину и заключил досудебное соглашение о сотрудничестве с прокурором. Дело в отношении Николая Лубенцова и Алексея Губина направлено в Головинский райсуд Москвы, вину они не признают.