Ранее Минтранс РФ и Росжелдор решили расторгнуть в одностороннем порядке контракт, заключенный в ноябре 2008 года с ЗАО "Инжиниринговая корпорация "Трансстрой". Генподрядчик трижды переносил сроки завершения строительства, хотя по госконтракту он должен был ввести в эксплуатацию железную дорогу еще 30 ноября 2013 года.
От генподрядчика последовал иск о незаконности данного решения. Арбитражный суд Москвы 14 ноября 2016 года признал недействительным одностороннее расторжение госконтракта Росжелдором. В настоящее время "Инжиниринговая корпорация "Трансстрой" находится в процедуре банкротства, а ж/д линия Томмот — Нижний Бестях числится на ее балансе как объект незавершенного строительства и находится под ее администрированием.