В соответствии с пунктом 18 статьи 217 НК РФ не подлежат обложению НДФЛ доходы в денежной и натуральной формах, получаемые от физических лиц в порядке наследования, за исключением вознаграждения, выплачиваемого наследникам (правопреемникам) авторов произведений науки, литературы, искусства, а также открытий, изобретений и промышленных образцов.
Таким образом, доходы физического лица - наследника, полученные в виде действительной стоимости доли наследодателя в уставном капитале организации, не подлежат обложению налогом на доходы физических лиц, а организация, выплачивающая указанный доход, не является налоговым агентом и обязанности по исчислению, удержанию и перечислению в бюджет налога у неё в данном случае не возникает. Обязанности по предоставлению налоговой декларации по форме 3-НДФЛ у физического лица в этом случае также не возникает.