Несмотря на указ президента Якутии №536 «О мерах по сохранению генофонда якутского скота» 2002 года, в рамках которого были созданы два государственных учреждения, уполномоченных в области ведения и развития генофонда якутской породы скота, показатели породы продолжают снижаться, говорится в сообщении ЯСИА. Средний вес породы, издавна известной отзывчивостью на улучшение качества питания, составляет всего 262 кг, остается низким удой. При этом молоко аборигенной якутской коровы всегда отличалось высоким содержанием белка, лактозы, калорий. К примеру, для выработки одного килограмма сыра требуется 23 килограмма молока холмогорской коровы или 16 килограммов молока якутской аборигенной коровы.
Катастрофическим для породы якутской коровы оказалось решение 1929 года о ввозе в Якутию холмогорских и симментальских коров. Тогда предполагалось, что это еще более улучшит уникальные качества якутской породы, но на деле произошло их ухудшение.
Селекционную ошибку в республике пытаются исправить с 1985 года. Тогда были приняты первые законодательные акты по восстановлению поголовья чистопородной якутской коровы. Однако, пока что находят свое подтверждение неутешительные прогнозы отдельных специалистов, предполагающих, что порода аборигенной якутской коровы уже не подлежит восстановлению.