Как передают «Вести», Наталья Ивановна Агафьева пришла на службу в органы внутренних дел в марте 1978 года. Она начинала работать в Оренбургской области участковым инспектором по делам несовершеннолетних, а затем перешла в следственное подразделение. В 2012 году указом президента была назначена на должность заместителя начальника Главного управления МВД России по Центральному федеральному округу — начальника Следственной части.
Агафьева - полковник юстиции, награждена медалями "За отличие в службе" I, II, III степени, "За доблесть в службе", нагрудным знаком "Лучший следователь".
За высокие достижения и личный вклад в обеспечение безопасности жителей Оренбургской области Наталья Агафьева признана "Женщиной Оренбуржья-2010" в номинации "Женщина на службе Отечеству".