Росжелдор требовал взыскать с ответчика более 1 млрд рублей аванса и более 5,4 млрд рублей неустойки по госконтракту от 17 ноября 2008 года стоимостью более 33 млрд рублей. Представитель истца сообщил в суде, что неустойка взыскивается ввиду нарушения сроков реализации контракта.
По словам ответчика, сроки были нарушены, в том числе, по вине заказчика, который постоянно вносил изменения в техническое задание. Юрист "Трансстроя" также заявил, что ранее в деле о его банкротстве суд назвал надлежащим истцом по данному трехстороннему контракту не госзаказчика Росжелдор, а заказчика-застройщика ФГУП "Единая группа заказчика ФАЖТ". Контракт с "Инжтрансстроем" был расторгнут соглашением сторон от 5 декабря 2017 года, завершал строительство новый генподрядчик.
Ветка Беркакит-Томмот-Якутск была запущена в начале июля. Глава Якутии Айсен Николаев 7 июля написал на своей странице в Instagram, что "27 июля, в канун Дня железнодорожника, будет запущено пассажирское сообщение по всей Амуро-Якутской магистрали, которую по праву называют Малым БАМом!"
Арбитраж Москвы в октябре 2018 года ввел в отношении "Инжтрансстроя" начальную процедуру банкротства – наблюдение. В сентябре 2017 года первое дело о банкротстве стройкомпании было прекращено в связи с утверждением мирового соглашения. Ряд кредиторов, в том числе Связь-банк и банк "ФК Открытие", оспаривали прекращение производства по делу, но вышестоящие инстанции, включая Верховный суд, подтвердили его законность.
