Такое решение принято Акционерной компанией в целях привлечения дополнительных объемов перевозок грузов в республику через станции Алдан и Томмот, в том числе за счет расширения клиентской базы.
До настоящего времени наиболее выгодными были перевозки грузов в контейнерах крупнейшего контейнерного оператора России - ОАО «ТрансКонтейнер», с которым железнодорожники Якутии тесно и плодотворно взаимодействуют уже на протяжении нескольких лет. Итогом этого сотрудничества стало комплексное решение вопроса перевозки груза от пункта отправления до конечного пункта перевозки по единой сквозной ставке и организация перевозки грузов в крупнотоннажных контейнерах контейнерными поездами, что значительно повысило привлекательность этих услуг.
Однако, эти условия не касались перевозок грузов в крупнотоннажных контейнерах других собственников, что не позволяло им заходить на якутские железные дороги из-за неконкурентоспособности этих перевозок.

С 15 марта 2011 года ОАО АК «Железные дороги Якутии» вводит новый порядок оплаты услуг, связанных с приемом и отправлением грузов в крупнотоннажных контейнерах и в вагонах, не принадлежащих ОАО «ТрансКонтейнер»:
• Бесплатное время нахождения вагонов в ожидании отправления (отстой) – 10 суток;
• Бесплатное хранение порожних контейнеров под накоплением – 20 суток;
• Снижение ставок сборов за хранение грузов в контейнерах на контейнерных площадках по истечении 3-х суток за счет отмены повышающего коэффициента 2;
• Снижение стоимости комплексного сбора включающего сбор за подачу-уборку вагонов и терминальную обработку контейнеров на 3%.