В соответствии с законом о сотрудничестве с Международным трибуналом для бывшей Югославии (МТБЮ) Караджича доставили в следственный изолятор суда по военным преступлениям в Белграде.
25 июля 1995 года МТБЮ выдвинул первые обвинения против Караджича и Младича по 16 пунктам, в том числе один по статье "геноцид" и три - за "преступления против человечности".
Второе обвинение по 20 пунктам относилось к событиям в мусульманском анклаве Сребреница, и было выдвинуто 16 ноября 1995 года. Армия боснийских сербов под командованием генерала Младича напала на Сребреницу 6 июля 1995 года и полностью заняла город через пять дней. До 19 июля, по данным МТБЮ, она истребила порядка восьми тысяч мусульман. Около 30 тысяч женщин и детей были депортированы из города.
В 1996 году под давлением международной общественности и тогдашнего лидера Югославии Слободана Милошевича Караджич передал свои полномочия тогдашнему вице-президенту Республики Сербской Биляне Плавшич и перестал появляться на людях.