Колганов занимает пост мэра Барнаула с марта 2003 года. В 2008 году он был переизбран на второй срок, за него проголосовали более 60% избирателей.
В отношении главы города расследуются два уголовных дела, возбужденных в конце 2009 года. Первое дело было возбуждено 14 сентября по части 1 статьи 293 УК РФ (халатность), которая предусматривает арест на срок до трех месяцев. По части 2 статьи 285 УК РФ (злоупотребление должностными полномочиями), возбужденной в декабре того же года, Колганову грозит до семи лет лишения свободы.