Всего на нацпроект планируется выделить 1,551 трлн рублей: 632 млрд рублей из федерального бюджета, еще 125,5 млрд рублей — из региональных бюджетов, 793,8 млрд рублей — из внебюджетных источников.
Больше всего расходы были урезаны на программу «Чистая вода», по которой 99% потребителей должны быть обеспечены питьевой водой нормального качества (сейчас этот показатель составляет 87,5%). В 2019–2024 годах на это направление Минприроды потратит вдвое меньше, чем планировалось изначально — 258,47 млрд рублей вместо 551 млрд рублей.