Кроме того, к основным задачам Морской коллегии отнесены вопросы обеспечения безопасности мореплавания и судоходства, развития систем их навигационно-гидрографического и поисково-спасательного обеспечения, а также сохранения объектов морского культурного наследия.
В коллегии также создадут президиум, который займется оперативным рассмотрением вопросов по выполнению госпрограмм судостроения. Туда войдут как представители федеральных органов исполнительной власти, так и сами производители морской техники.