ГУ РИАЦЭМ при участии подрядных, субподрядных организаций, выполняющих работы по осуществлению проектирования, строительства и эксплуатации крупных инвестиционных проектов на территории Южной Якутии проводит мониторинговые исследования: на магистральном нефтепроводе ВСТО, на месте предполагаемого строительства Канкунской ГЭС, на местах дислокации разведочно-эксплуатационных объектов Чаяндинского нефтегазоконденсатного месторождения, железной дороги, также на участках золотодобычи.
По этим направлениям экологического мониторинга отобрано и проанализировано порядка ~350 проб воды и более 150 проб донных и почвенных образцов.
Осуществляется химико-аналитический контроль за деятельностью золотодобывающих предприятий, сбросом сточных вод различных ведомств на водные объекты, проводится мониторинг влияния гидротехнических сооружений, в т.ч. хвостохранилищ, выведенных из эксплуатации. Учреждение также проводит контроль за влиянием поверхностного смыва в населенных пунктах на качество воды водотоков. Постоянные створы контроля расположены на таких крупных водотоках, как Лена (г.г. Ленск, Олекминск, Покровск, Якутск, поселки Мохсоголлох, Жатай, Кангалассы), Вилюй (населенные пункты Сунтар, Нюрба, Верхневилюйск, Вилюйск), Алдан (г. Томмот, п. Хандыга) и т.д. Учреждение обеспечивает оперативный контроль при возникновении аварийных ситуаций со сбросом загрязняющих веществ в природную среду.
За девять месяцев 2010 года из 33 районов республики в лаборатории ГУ РИАЦЭМ доставлено 3 556 проб (на 147 проб больше, чем за отчетный период 2009 г.).