В 2018 г. муссировался вопрос о возможном объединении АО «Аэропорт Якутск» и его стратегического партнёра и главного должника АК «Якутия», против чего резко выступил тогдашний генеральный директор авиапредприятия Николай Местников.
Авиакомпания «Якутия» на 100 процентов принадлежит правительству Якутии. Ранее Росавиация по итогам внеплановой проверки приняла решение о прекращении с 5 ноября 2018 года выполнения международных рейсов авиакомпанией «Якутия». Компания сообщала о принятии плана по устранению выявленных замечаний.
В 2019 г. субсидии АК «Якутия» превысят миллиард рублей.