Существенные проблемы имеются в рыбопромысловом флоте. По состоянию на 1 января 2014 года, из порядка 2,3 тысячи судов различного назначения более 85 процентов эксплуатируются с превышением нормативных сроков, что ведет к снижению эффективности работы флота, росту затрат на выпуск продукции, снижению безопасности мореплавания.
В рыбной отрасли по-прежнему остается такое явление, как "квотные рантье" - это предприятия, которые не имеют своего флота и производственных мощностей, и перепродают федеральный ресурс. После закрепления долей квот на 10-летний период, которое было проведено начиная с 1 января 2009 года, количество рантье снизилось в 1,5-2 раза, но по-прежнему занимает существенный объем - около 10 процентов суммарного вылова, или почти 400 тыс тонн водных биоресурсов.
