Серьезные вопросы к Спецстрою появились в 2015 году. В июле из-за обрушения секции казармы 242-го учебного центра ВДВ в Омске погибли 24 военнослужащих. В ноябре Владимиру Путину пришлось перенести на апрель 2016 года первый в истории пуск ракеты-носителя "Союз-2.1а" с космодрома Восточный.
Работой агентства заинтересовался вице-премьер Дмитрий Рогозин, поручивший военным и строителям раскрыть информацию о привлекаемых к возведению военных объектов субподрядных компаниях, критериях их отбора и методике приемки построенных ими сооружений. Год назад в докладе Рогозина на имя президента утверждалось, что агентство выполняет работы лишь на 15-40% от стоимости заключенных контрактов, перепоручая сторонним структурам не только основной объем работ, но и создание проектно-сметной документации.
Все функции по строительству объектов, обеспечивающих обороноспособность страны, будут замкнуты напрямую на Минобороны, которому достанутся активы агентства. Новая конфигурация должна заработать в середине 2017 года.