Счетная палата отмечает проблемы с исполнением контрольных функций государственными заказчиками программы - ни один из них (кроме Минэнерго, Минрегиона и Росавтодора) в период 2007-2013 годов не проводил проверку использования средств федерального бюджета. Кроме того, Минрегион не осуществил передачу Минвостокразвития, как новому координатору, полного комплекта документов программы.
Расходы на реализацию ФЦП за 2007-2012 годы составили 27,9 миллиарда рублей, ресурсное обеспечение было осуществлено в полном объеме, при этом на протяжении всех лет реализации ФЦП из-за поздних сроков заключения соглашений о предоставлении субсидий средства федерального бюджета перечислялись в доход бюджета Сахалинской области лишь в четвертом квартале финансового года. Это привело к тому, что значительная часть средств в течение года не использовалась, а направление средств на финансирование переходящих строек и объектов начиналось только в апреле-мае следующего года.
По данным Счетной палаты, на 1 октября 2013 года в эксплуатацию было сдано только 32 объекта. Особую обеспокоенность ведомства вызвал рыбохозяйственный комплекс Курильских островов. Запланированные мероприятия в данной отрасли по существу были сорваны.
По мнению Счетной палаты, увеличение ресурсной базы Курильских островов в среднесрочной перспективе возможно только при создании сети, в том числе государственных и рыборазводных заводов, а также условий для привлечения инвесторов к строительству таких заводов за счет внебюджетных источников. Однако удельный вес финансирования мероприятий по развитию рыбохозяйственного комплекса и, в первую очередь, капитальных вложений в производство, в программе был существенно сокращен по инициативе Росрыболовства.
