В частности, при импорте из Абхазии сохраняются изъятия из режима свободной торговли в отношении сахара, спирта и табачных изделий. Предусматривается также взимание вывозных пошлин на ряд товаров в рамках российского законодательства. При этом вывозные пошлины, в соответствии с соглашением, не применяются к бензину и дизельному топливу, если их потребление в Абхазии не превысит 50 тысяч тонн в первый год после вступления соглашения в силу.
С учетом значимости доходов от взимания таможенных пошлин для бюджета Абхазии соглашение предусматривает их поэтапную отмену.