В 2012 году полномочия по управлению правами на результаты интеллектуальной деятельности перешли от ФАПРИД к госзаказчикам (у предприятий ОПК это, как правило, Минобороны). Но в судебные тяжбы с ФАПРИД по заключенным до марта 2012 года лицензионным договорам вовлечены крупнейшие предприятия оборонно-промышленного комплекса. Созданные этими заводами разработки формально принадлежат государству.
Омбудсмен в сфере интеллектуальной собственности Анатолий Семенов подготовил предложение о пересмотре договоров экспортеров продукции военного и двойного назначения с ФАПРИД. Семенов планирует включить его в ежегодный доклад бизнес-омбудсмена Бориса Титова президенту Владимиру Путину о системных проблемах предпринимательства.
По мнению Семенова, должно быть принято системное решение, так как сейчас предприятия решают свои проблемы в индивидуальном порядке в судах.
Аналитики, готовящие доклад Бориса Титова президенту считают, что откладывание системного решения по отмене платежей может привести к серьезным убыткам отечественных производителей продукции военного и двойного назначения.