Силы единой системы ПВО возглавляет командующий, назначенный президентом России и президентом Казахстана по представлению министров обороны двух стран. При этом командование системы будет располагаться в Казахстане.
В случае войны или нарастания военной угрозы Россия и Казахстан имеют право принимать решение о применении войск в рамках своего законодательства.