Основанием для его увольнения стало присуждение ему звания доцента кафедры уголовного права и криминологии Челябинского госуниверситета, которое произошло, по данным Генпрокуратуры, на основании подложных документов.
48-летний Анатолий Багмет возглавил столичное следственное управление СКП РФ 12 мая 2008 года. До этого он более 17 лет работал в прокуратуре Челябинской области - от помощника прокурора Челябинска до заместителя прокурора области.