В первой версии отчета стоял гриф «для служебного пользования»: в документе аудиторы дважды отмечали, что в действиях руководства «Роснано» прослеживаются коррупционные мотивы. Итоговый отчет, подписанный аудитором Сергеем Агапцовым, был отправлен в Госдуму уже без указания на признаки коррупции. Вся остальная информация в документе сохранилась в неизменном виде.
Проведение проверки инициировали 93 депутата от КПРФ и «Справедливой России». Документ готовился около полугода. 9 апреля аудитор Агапцов сообщил, что Счетная палата обнаружила «значительные нарушения» в работе «Роснано». 25 апреля президент Владимир Путин во время прямой линии отметил, что у «Роснано», конечно, есть проколы, но это не уголовщина.
В первоначальной версии отчета «признаки мошенничества» и «коррупционной составляющей» аудиторы упоминали дважды.
Первая претензия касалась проекта строительства завода «Хевел» по производству солнечных модулей в Чувашии. Основным акционером компании является «Ренова» Виктора Вексельберга (51%), у «Роснано» — 49%. За свою долю «Ренова» должна была внести 3,8 миллиарда рублей, а также выдать займ в 2,7 миллиарда рублей. Заемные деньги «Ренова» так и не предоставила, а «Роснано», имея все возможности взыскать просроченную задолженность и начисленную неустойку, этого не сделало.
Еще один коррупционный аспект аудиторы увидели в проекте строительства завода по производству литий-ионных аккумуляторов высокой емкости. Изначально новосибирский «Лиотех» был совместным предприятием «Роснано» и китайского производителя аккумуляторных батарей Thunder Sky, но зарубежный партнер впоследствии вышел из проекта. 40% акций «Лиотеха», которыми владел Thunder Sky, были переуступлены в процессе сложных схем «дочке» китайской компании ООО «ТС-Рус», а в дальнейшем куплены самой «Роснано». В ходе этих сделок было допущено несколько нарушений, которые привели к ущербу уже для «Роснано».
По мнению гендиректора Фонда национальной энергетической безопасности Константина Симонова, изменения в формулировках отчета Счетной палаты связаны с позицией президента, которую он высказал публично. В результате Счетная палата стала аккуратнее в формулировках, хотя цифры из отчета уже попали в прессу и их не изменишь.