Екатерина Семеновна Никитина родилась в 1948 году селе Алтанцы Амгинского района Якутской АССР. В 1971 году окончила физико-математический факультет Якутского государственного университета имени М.К. Аммосова. Педагогическую деятельность начала ассистентом кафедры высшей алгебры и геометрии ЯГУ, затем - старший преподаватель, доцент ЯГУ (1985), заведующая кафедрой алгебры и геометрии. В 1978 году Екатерина Никитина стала первым кандидатом физико-математических наук по геометрии из женщин Якутии.
В 1987-1995 гг. работала в должности проректора ЯГУ. В этот период Екатерина Никитина провела большую организаторскую работу по реформированию высшего образования в республике.
С ее именем связаны разработка концепций педагогического и инженерного образования в республике, внедрение новых информационных технологий обучения, разработка проблем педагогики высшей школы. Издано более тридцати ее научных работ. Многие учебные пособия рекомендованы для использования в вузах России.
Общественно-политическая деятельность Екатерины Никитиной началась с 1970 года. В 1970-71 гг. избиралась депутатом Якутского городского Совета депутатов трудящихся XIII созыва, в 1995 г. – депутатом, заместителем председателя (1997) и председателем (1998) Городского собрания депутатов Якутска первого созыва.
В 1997 году была назначена заместителем председателя правительства республики по социальным вопросам. В 1998-2001 гг. она избиралась депутатом и председателем Городского Собрания депутатов первого и второго созывов. В 2002 году – она стала народным депутатом Якутии. В третьем созыве ее избрали заместителем председателя Госсобрания (Ил Тумэн).
Екатерина Никитина известна не только как депутат, но и как женщина-ученый и спортсмен. Много лет она возглавляет Федерацию лыжных гонок республики, является почетным президентом лиги «Женщины-ученые Якутии».
Екатерина Семеновна отмечена многими российскими и республиканскими званиями и наградами: знаками «За заслуги перед Якутском», «За заслуги в развитии физической культуры и спорта РФ», ЦК ВЛКСМ «50 лет ВЛКСМ», «За заслуги в развитии физической культуры и спорта РС (Я)», «Лауреат спорта XX века РС (Я)», «Почетный работник высшего профессионального образования РФ».