С 1994 по 1998 год Головня являлась художественным руководителем, режиссером и продюсером студии "Архив-Коллекция". Она также была автором и режиссером телепрограммы "Ощущение века" на телеканале "Культура". С 1999 года Головня была генеральным директором и режиссером студии "Золотая лента". С 2004 года - преподавала на философском факультете МГУ.
Среди ее работ - фильмы "Этюд для домино с роялем" (1982), "Новая жизнь старой Москвы" (1984), "Федор Конюхов. Перед стартом" (1995), "Юрий Гагарин. Сын, брат, отец" (2001), "Портрет семьи художника" (2002) и другие.
Евгения Головня - обладатель множества кинонаград, среди которых приз МКФ в Кракове, приз Международной федерации кинокритиков FIPRESCI (ФИПРЕССИ) на фестивале в Лейпциге, "Серебряная медаль им. братьев Люмьер".