Изначально он обвинялся в злоупотреблении полномочиями при создании единой интегрированной информационной системы «Соцстрах» с причинением ущерба на 4 млрд рублей, при этом самому Ковалевскому ФСБ дополнительно инкриминировала оказание давления на свидетелей по делу. По некоторым данным, фигурант пошел на сотрудничество со следствием, а затем дождался истечения срока давности по своему делу, но позже следствие вскрыло новую попытку мошеннического хищения средств ФСС — еще почти на 2 млрд рублей.
Уголовное дело в отношении Сергея Ковалевского было возбуждено следственным управлением ФСБ 6 мая 2019 года. Вскоре экс-чиновнику было предъявлено официальное обвинение в должностном преступлении, а ФСС был признан потерпевшей стороной по делу, заявившей к Сергею Ковалевскому гражданский иск на 3 млрд рублей, который позже был скорректирован до 3,7 млрд.
Несмотря на тяжесть обвинения, которое предусматривало по УК РФ до десяти лет лишения свободы, изначально задерживать Ковалевского или обращаться в суд с ходатайством об избрании какой-либо меры пресечения следствие не стало. Однако в начале июня 2020 года с санкции Лефортовского суда Сергей Ковалевский неожиданно был арестован. Было ли это связано с тем, что экс-чиновник якобы стал угрожать по телефону одной из своих бывших помощниц, требуя изменить показания в рамках уголовного дела, как утверждали силовики, пока неизвестно.
Справка:
Ковалевский Сергей Станиславович родился в 1959 году в городе Ишиме Тюменской области.
В 1983 году окончил Московский инженерно-физический институт по специальности "АСУ реального времени".
В 1987 году в МИФИ защитил кандидатскую диссертацию по теме "Модели и методы выбора средств обработки информации для систем НТИ и здравоохранения".
В 1996 году в Институте проблем управления Российской академии наук защитил докторскую диссертацию "Разработка моделей, методов и средств создания распределенных интегрированных информационных систем для управления городским хозяйством (на примере г. Москвы)".
В 2001 году стал действительным членом Российской академии естественных наук (РАЕН).
С 1997 года по 2001 год занимал должность советника председателя Фонда социального страхования РФ.
С 2000 года являлся председателем комиссии по проблемам законодательного обеспечения информационной безопасности Экспертного совета по проблемам законодательного обеспечения национальной безопасности при председателе Государственной Думы Федерального собрания РФ.
С 2000 года являлся координатором направления по проведению экспертиз и подготовке заключений по вопросам контроля за расходованием бюджетных средств на информатизацию федеральных органов исполнительной власти, предприятий, учреждений и организаций. Член Экспертно-консультативного совета при председателе Счетной палаты Российской Федерации.
С 2001 по 2002 год занимал должность советника генерального директора Российского агентства по государственным резервам.
С 2004 года по 2010 год являлся заместителем председателя ФСС РФ.
