Денис Тон уволился с должности директора и уехал из Якутии через месяц после того, как было возбуждено уголовное дело по факту причинения особо крупного имущественного ущерба МУП «Жилкомсервис», которое владеет 49 процентами долей «Якутскэкосетей». Прокурорская проверка тогда выявила, что муниципальное предприятие выдало «Якутскэкосетям» займы на 43 млн рублей. В настоящее время это дело, по некоторым данным, закрыто.
27 февраля 2020 года было возбуждено уголовное дело по статье «Присвоение и растрата» в отношении бывшего заместителя генерального директора ООО «Якутскэкосети» Ольги Харченко. По версии следствия, она будто бы изготавливала поддельные платежные поручения и похитила средства предприятия на сумму 900 тысяч рублей.
ООО «Якутскэкосети» было зарегистрировано налоговой инспекцией Якутска в 2014 году. С заявлением о регистрации обратился будущий вице-премьер Якутии, а на тот момент представитель британской оффшорной компании «Donaco Fuels LTD» Кирилл Бычков. Учредителями общества выступили муниципальное предприятие «Жилкомсервис» и «Donaco Fuels LTD». Вскоре после регистрации место руководителя занял Денис Тон, приехавший в Якутск из Нижнего Новгорода. Вначале он выступал как директор «Donaco Fuels LTD», затем стал генеральным директором ООО «Якутскэкосети».
ООО «Якутскэкосети» стало монополистом на рынке вывоза и сортировки мусора в Якутске, подняв при этом тариф для населения и предпринимателей в несколько раз. Предприятие было региональным оператором в Центральной зоне Якутии, куда входят Якутск, Жатай, Горный, Намский и Хангаласский улусы. 29 мая 2018 года было заключено соответствующее Соглашение с Министерством жилищно-коммунального хозяйства и энергетики Якутии. С 1 января 2019 года ООО «Якутскэкосети» начало выполнять функции Регионального оператора во всех муниципальных образованиях в зоне своей ответственности. С 1 января оно осуществляло вывоз отходов в соответствии с договором с Ассоциацией перевозчиков ТКО, а с 1 марта самостоятельно.
Очная ставка бывшего гендиректора и его заместителя должна состояться в рамках продолжающегося расследования.
