Оркестр был создан 21 ноября 1991 года в городе Алдане, в 1995 году присвоен статус государственного. Основателем и главным дирижёром является заслуженный деятель искусств Республики Саха (Якутия) Наталья Базалева. Дирижеры: Юлия Швецова, Гузель Кавюк.

С 2006 года Государственный концертный оркестр Якутии является членом Союза концертных организаций России. В 2012 году вошел в состав Государственной филармонии Республики Саха (Якутия) им. Г.М.Кривошапко» в качестве филиала в г.Алдане.
В 1996 году оркестр стал учредителем фестиваля-конкурса оркестров и ансамблей, посвящённый I Великорусскому оркестру им. В.В.Андреева; конкурса исполнителей-инструменталистов «Радуга Севера» посвящённый I профессиональному якутскому композитору М.Н.Жиркову (2007).
В 1993 году состоялся знаменательный концерт оркестра в Колонном зале Дома Союзов в Москве, в честь открытия первого десятилетия коренных народов мира для представителей 44 стран.
В 2002 году оркестр представил Якутию в Культурной программе Международном фестивале высокой моды в КНР (г.Далянь).
В 2007 году оркестр осуществил большое гастрольное турне «Золотые звуки земли Олонхо», посвящённое 375-летию вхождения Якутии в состав Российского государства. Концерты состоялись в 27 городах России, от Владивостока до Москвы по знаменитому Транссибу.
С 2007 года оркестр принимает участие в Московском Пасхальном фестивале. В 2012 году Государственный концертный оркестр Якутии стал первым оркестром, который представил Дальневосточный федеральный округ и Западную Сибирь в Концертном зале Мариинского театра.
В 2014 году оркестр представил проект «Арктика Филармонии Якутии» в Бразилии (гг.Нова-Прата и Пасу-Фунду) на двух международных фольклорных фестивалях и в Китае (г. Харбин) в рамках международной торгово-промышленной ярмарки «ЭКСПО».
Ведёт активную концертно-просветительскую деятельность на территории Дальневосточного федерального округа, сотрудничает с композиторами Якутии и России.
Оркестр выступал: в Концертном зале Российской академии музыки им. Гнесиных, Светлановском и Камерном залах Московского международного Дома музыки, в Пограничной академии ФСБ РФ, Смольном Соборе, Концертном зале Мариинского театра, а также в залах ведущих филармоний страны.
Коллектив сотрудничает с музыкантами: Александром Цыганковым, Михаилом Горобцовым, Шаукатом Амировым, Александром Капитаном, Николаем Ляховым, Андреем Горбачёвым, Дмитрием Калининым, Екатериной Мочаловой, Борисом Андриановым, Павлом Лукояновым; дирижерами: Виктором Сухорословым, Рамилом Гайзуллиным, Фаруком Садыковым, Алексеем Моргуновым, Евгением Волчковым; артистом театра и кино Даниилом Спиваковским; с вокалистами: Галиной Шойдогбаевой, Василием Овсянниковым, Ольгой Трифоновой, Евгением Акимовым, Надеждой Крыгиной, Академией певцов Мариинского театра, Бурятии, Белоруссии, Татарстана, Украины, Ю.Кореи, КНР, Англии, Японии.
Государственный концертный оркестр Якутии участник многих всероссийских и международных фестивалей, лауреат международного конкурса.