Соглашение предусматривает создание оптимальных условий для упрощения взаимных поездок отдельных категорий граждан Российской Федерации и граждан Японии, в первую очередь, представителей деловых кругов, деятелей науки, культуры и спорта, журналистов.
Соглашение содержит правила иные, чем предусмотренные законодательством Российской Федерации.
Ключевым элементом Соглашения является упрощение процедуры выдачи виз для въезда, выезда и пребывания на территории государства другой стороны сроком до 90 дней в течение каждого периода в 180 дней для граждан Российской Федерации – владельцев действительных заграничных паспортов и для граждан Японии – владельцев действительных национальных паспортов.
Соглашением также предусматривается возможность прямых обращений граждан и организаций за получением виз и возможность выдачи гражданам обоих государств многократных виз сроком до трёх лет при соблюдении условий, предусмотренных Соглашением.