В соответствии с утвержденными правилами проверки резидентов ТОР проводятся в виде совместных плановых проверок уполномоченными органами при всех видах государственного контроля, муниципального контроля, за исключением некоторых видов госнадзора.
К исключаемым видам относятся: контроль за осуществлением иностранных инвестиций, госконтроль за экономической концентрацией, контроль и надзор в финансово-бюджетной сфере, налоговый контроль, валютный контроль, таможенный контроль, государственный портовый контроль, контроль за уплатой страховых взносов в государственные внебюджетные фонды, контроль на финансовых рынках, банковский надзор, страховой надзор, надзор в национальной платёжной системе, госконтроль за осуществлением клиринговой деятельности.
Принятое решение позволит создать механизм проведения органами, уполномоченными на проведение госконтроля и муниципального контроля, совместных плановых проверок резидентов ТОР, соответствующий целям и задачам как проверяющих органов, так и резидентов.