Росгранстрой разместил 24 филиала по всему периметру государственной границы Российской Федерации в столицах субъектов федерации и в городах приграничных регионов - от Калининграда до Камчатки. Сфера деятельности магаданского филиала охватывает три субъекта РФ: Магаданскую область, Чукотский Автономный округ и Республику САХА (Якутия).
В ведении Магаданского филиала ФГУ Росгранстрой находятся восемь пунктов пропуска, четыре морских, четыре воздушных. Территориально они расположены: Магаданская область - Магаданский морской торговый порт, аэропорт "Магадан"; Республика Саха (Якутия) - аэропорт "Якутск"; Чукотский автономный округ - аэропорт "Анадырь", аэропорт "Проведения", Анадырский морской торговый порт, Морской торговый порт Проведения (Бухта), Беринговский морской торговый порт.
В 2010 году основной задачей филиала будет подготовка и принятие в оперативное управление объектов недвижимого имущества инфраструктуры закрепленных пунктов пропуска для достижения соответствия существующей системы пунктов пропуска потребностям региона, обусловленным темпами социально-экономического развития.