Министерство было создано 30 декабря 2018 года указом главы Якутии на базе государственного комитета по делам Арктики. Руководителем был назначен Александр Саввинов, который с начала 1990-х работал в органах исполнительной власти и коммерческих структурах региона, в течение трех созывов руководил Якутской городской думой.
Новое министерство будет заниматься комплексным развитием якутской Арктики, площадь которой составляет около 1,5 млн кв. км. "Из арктической части Якутии продолжается отток населения, за последние 8 лет население сократилось на 8 процентов. Нет крупных предприятий, многие месторождения полезных ископаемых не разрабатываются, достаточно серьезный ниспадающий тренд есть в традиционных отраслях - рыболовства, оленеводства. Все это сказывается на судьбе коренных малочисленных народов Севера", - объяснил глава республики потребность в комплексном развитии якутской Арктики.
В частности, министерство будет заниматься социально-экономическим развитием северных территорий, реализацией инфраструктурных проектов. Упор будет сделан на развитие транспортной инфраструктуры вокруг Северного морского пути, на реконструкцию портов и создание высокотехнологичной Жатайской судоверфи, строительство которой начнется в 2019 году. Также министерство займется вопросами развития традиционных видов деятельности: оленеводства и рыболовства.