Возведение второй в Нерюнгри православной церкви планировалось программой мероприятий, запланированных к 55-летию угледобывающей промышленности Якутии, которое отмечалось в августе 2007 года. Эта программа начала реализовываться в 2005 году, однако в 2006 году из-за отсутствия средств строительство храма в Нерюнгри было отменено. Теперь решено вернуться к этому вопросу.
По предварительным расчетам, сметная стоимость строительства храма в честь Святителя Николая Чудотворца в городе Нерюнгри должна составить около 200 миллионов рублей. Для возведения храма выбрано место на окраине города, пересечении проспекта Мира с улицей Ленина. Сегодня на этом месте находится так называемый ПМЖ – забетонированный пустырь, в летнее время используемый для молодежных дискотек и местных автомобильных шоу.
В течение ближайших трех лет мусульманская община города Нерюнгри с помощью предпринимателей и спонсоров также планирует построить в городе Нерюнгри мечеть. Для этого выделено место на пересечении улицы Тимптонской и проспекта Дружбы народов, уже огороженное под стройплощадку. По предварительным расчетам, стоимость строительства мечети в Нерюнгри составит 188,5 миллиона рублей.
В настоящее время в городе имеются два капитальных здания культовых сооружений – православный Храм иконы Казанской Божией матери и церковь евангельских христиан.