В представлении указано, что нарушения по доходной части агентства составили 5,05 млрд рублей, по расходной — 1,55 млрд рублей, в том числе с нарушением принципа целевого использования средств федерального бюджета — 560,5 млн рублей, принципа результативности и эффективности — 669,9 млн рублей, при осуществлении государственных закупок — 353,5 млн рублей.
Основной претензией аудиторов Счетной палаты стало неправомерное использование в 2013 году средств федерального бюджета в объеме 560,5 млн рублей на финансирование затрат учреждения «Авиалесохрана» по выполнению работ, не относящихся к полномочиям Рослесхоза.
Рослесхоз также уличили в игнорировании обоснования цен при госзаказах, ненадлежащем контроле за расходованием средств и даже в финансировании торжественных мероприятий в связи с профессиональным праздником — Днем работника леса на 22,2 млн рублей без разрешения правительства.