22 апреля 2008 года Черногоров заявил о своем намерении уйти в отставку с поста губернатора Ставропольского края, мотивировав это решение личными причинами. 16 мая президент России Дмитрий Медведев подписал указ "О досрочном прекращении полномочий губернатора Ставропольского края".
В обращении Черногорова отмечается, что главным мотивом его решения о досрочном сложении губернаторских полномочий стало окончание срока полномочий президента РФ Владимира Путина. "Я посчитал правильным, чтобы с приходом нового президента у Ставропольского края появился и новый губернатор, который включился бы в работу вместе с обновленной высшей государственной властью в интересах Ставрополья и его жителей. Уверен: синхронное обновление региональной власти будет плодотворно для нашего края", - отметил он.