Основное негативное влияние на окружающую среду оказывают магистральные и маневровые тепловозы (на сегодняшний день парк тепловозов компании составляет более 40 единиц), которые в процессе эксплуатации выделяют сажу, оксиды азота и оксид углерода. Поэтому в 2007 году АК «Железные дороги Якутии» начала модернизацию тепловозного парка с использованием дизельных двигателей 7FDL. Это позволило значительно уменьшить выбросы отработавших газов дизеля (35-50%), фактически исключить утечку масла, что помогает справляться с проблемами проникновения нефтепродуктов в почву в зонах парковки локомотивов и повторно использовать моторное масло в маневровых тепловозах.
Однако, помимо тепловозного парка, существует множество объектов железнодорожного транспорта, которые потребляют большое количество разнообразного топлива (уголь, газ, дизельное топливо, бензин и т. п.) для обеспечения работы подвижного состава, выполнения технологических процессов на производстве, отопления как производственных, так и непроизводственных зданий, в том числе жилых. Как известно, при сжигании твёрдого топлива в атмосферу выделяются оксиды серы, углерода, азота, летучая зола, сажа. Чтобы снизить негативное воздействие на среду, компания «Железные дороги Якутии» начала газификацию части объектов инфраструктуры. Так, на раздельном пункте Чульбасс в Нерюнгринском районе функционирует энергоцентр по выработке электрической и тепловой энергии. Источником электроснабжения являются шесть комплектных газотурбинных установок CapstoneC65-ICHP номинальной мощностью 65 кВт. В качестве топлива используется метан, полученный путем сжижения природного газа. Сахаяна Татаринова отметила, что использование микротурбин Capstone обеспечивают высокий уровень экологии при генерации электрической и тепловой энергии.
В перспективе планируется газификация объектов на станциях Алдан, Нерюнгри-Грузовая и Нижний Бестях. В настоящее время на узлах Нерюнгри-Грузовая, Алдан, Томмот часть автомобильного транспорта также переведена на газ, сообщили ИА SakhaNews в пресс-службе компании.
