Согласно закону об ОЭЗ в Магаданской области, ее участники до 2007 года освобождались от уплаты федеральных налогов, кроме отчислений во внебюджетные фонды, а в 2007–2014 годах — от уплаты налога на прибыль, инвестируемую в производство или социальную сферу. На территории ОЭЗ действует свободный таможенный режим (без уплаты таможенных пошлин и НДС). Впрочем, особый правовой режим Магаданской, а также Калининградской областей вызывал недовольство федеральных властей. Льготами зачастую пользовались не столько крупные инвесторы, сколько мелкие предприниматели, импортирующие товары без уплаты таможенных пошлин. Глава администрации Магаданской ОЭЗ Сергей Гребенюк говорит, что таможенными льготами, как правило, пользуются золотодобывающие предприятия, индивидуальные предприниматели, ввозящие автомобили, продукты и другие товары, а также те, кто занимается заготовкой черных и цветных металлов.