Хотя проект предусматривает целый ряд природоохранных мероприятий, избежать ущерба природе невозможно. Проектируемая линия в Амурской области затрагивает лесные земли, находящиеся в бессрочном пользовании у родовых общин «Юктэ» и «Тайга», в Якутии – у общин «Бута» и «Лось». Данным общинам проектом предусматривается возмещение ущерба, связанного с изъятием оленьих пастбищ.
Негативное влияние строительства и эксплуатации объектов на животный мир связано с отчуждением и изменением естественных мест обитания животных, фактором беспокойства, присутствием большого числа людей и тяжелой техники, увеличение пресса охоты, браконьерство и т.д. В связи с этим предусмотрено возмещение убытков, наносимых фауне региона: Амурской области - 17 548 830 руб., Республике Саха (Якутия) - 927 672 руб.
Предполагается, что будет полностью уничтожен растительный покров на участках под опорами линий электропередачи, на стройплощадках и площадках для складирования древесины, нарушен сложившийся почвенно-растительный покров, сокращены площади лесных угодий, изменены условия произрастания растений. Возмещение убытков, наносимых флоре региона, предусмотрено в следующих объемах: Республике Саха (Якутия) – 18 440 208 руб., Амурской области – 2 106 637 руб.
Подстанция и трасса протяженностью 94 км. в Нерюнгринском районе пройдет по территории ресурсного резервата местного значения «Восток». Его задача – сохранение естественной среды обитания коренных жителей и создание оптимальных условий для развития их культуры, сохранение традиционных форм деятельности и уклада жизни. Площадь изымаемого участка резервата «Восток» составит 886,5 га.
Предусмотрено возмещение убытков родовым общинам, наносимых в результате сокращения традиционной хозяйственной деятельности во время строительства и эксплуатации электросетевых объектов: «Бута» - 8 745 909 руб., «Лось» - 1 038 193 руб., «Тайга» - 6 985 502 руб., «Юктэ» - 10 353 256 руб.
Расчеты по возмещению ущерба выполнила организация «Северпроект» (город Раменское), и они согласовываются с Департаментом по коренным и малочисленным народам Севера.
Проектировщики уделили особое внимание минимизации воздействия на окружающую среду при строительстве. Линии электропередачи и подстанции будут строить, не меняя рельефа территории. Рассчитано воздействие электромагнитного поля и акустическое воздействие. Строительный и мусор и хозяйственно-бытовые отходы будут регулярно вывозиться с территории стройки на полигоны ТБО и очистные сооружения. Особое внимание уделяется сохранению водных ресурсов. В водоохранных зонах не будет ни строительных площадок, ни складирования леса или мусора. После окончания работ все временно затронутые земли будут рекультивированы.
