Согласно Уставу городского округа «город Якутск» органами местного самоуправления являются: Якутгордума – представительный орган, глава ГО «г.Якутск» – высшее должностное лицо, Окружная администрация г.Якутска – исполнительно-распорядительный орган, Контрольно-счетная палата – контрольно-счетный орган.
Большую поддержку в работе органов местного самоуправления оказывают гражданские институты: Общественная палата г.Якутска, некоммерческие организации, территориально-общественные самоуправления граждан, товарищества собственников жилья и многие другие. К примеру, благодаря городскому порталу One click Yakutsk, созданному как многофункциональный инструмент, каждый горожанин может заботиться о благоустройстве города, оперативно решать проблемы, наблюдать за работой муниципальных служб и властей, узнавать о планируемых изменениях в городе, обмениваться опытом, предлагать идеи. Из 5 тысяч заявок, поступивших на портал от населения, было решено более 4 тысяч.