Томский арбитраж еще в июле 2015 года ввел в «Томск Авиа» наблюдение по заявлению кредитора ООО «Агентство воздушных сообщений «Томск Авиа», долг перед которым составлял 6,7 млн рублей. Вслед за этим Росавиация аннулировала свидетельство эксплуатанта перевозчика.
Авиакомпания «Томск Авиа» занималась пассажирскими и грузовыми перевозками на самолетах Ан-24, Ан-26, Cessna и вертолетах Ми-8. География регулярных полетов включала города Томск, Стрежевой, Нижневартовск, Сургут.