По версии следствия, Голубков вместе с бывшим вице-президентом банка Тамарой Поляницыной вымогал у музыканта и бизнесмена Андрея Ковалева крупную взятку за смягчение условий кредита для компании его бывшей супруги. Ранее прокуратура отказалась утверждать обвинительное заключение по делу Поляницыной, которое было выделено в отдельное производство после того, как она заключила сделку со следствием.
Голубков был задержан 15 мая 2013 года в Москве и был заключен под домашний арест, однако в августе 2013 года Пресненский суд изменил для него меру пресечения, отправив под арест в СИЗО. Поводом для этого стало ходатайство следователя, который считал, что Голубков не соблюдал условия домашнего ареста: общался с водителем и неизвестными людьми. В середине декабря 2013 года следствие предъявило Голубкову обвинение в коммерческом подкупе.
Адвокат Голубкова утверждает, что освобождение его подзащитного из-под стражи косвенно говорит о его непричастности к инкриминируемому преступлению. Сам Голубков уверен, что уголовное дело против него было возбуждено незаконно.