В начале 90-х Шутов был назначен помощником председателя Ленсовета Анатолия Собчака, однако вскоре был снят с поста «за неэффективность работы».
В 1992 году был арестован как подозреваемый по делу банды бывшего офицера-афганца Айрата Гимранова, которую подозревали в вымогательстве и уничтожении чужой собственности. Был оправдан в связи с недостатком улик.
Также был в числе подозреваемых по делу об убийстве вице-губернатора Петербурга Михаила Маневича в 1997 году. В феврале 1999 года был арестован.
В 2006 году был признан виновным в организации и руководстве бандой, пяти убийствах, двух покушениях на убийство, а также в ряде похищений, ограблений, разбойных нападений, вымогательств и краж и приговорен к пожизненному заключению. Сам Шутов своей вины в преступлениях так и не признал.
