Шипулина обвинили в злоупотреблении должностными полномочиями. Будучи председателем, в 2008 году он слетал вместе с женой в Париж на десять дней, потратив на свой отдых бюджетные средства. Официальной целью поездки должен был стать семинар о проблемах ЖКХ, однако, как писали СМИ, спикер вложил деньги в увеселительную программу — преимущественно, в экскурсии. Впоследствии его понизили до вице-спикера, а потом он стал рядовым депутатом.
Позднее Шипулин признался в содеянном и вернул в бюджет сумму, которую потратил на отдыхе. По данным следствия, поездка в Париж обошлась единороссу примерно в 900 тысяч рублей.