ГКНПЦ "Хруничева" является производителем ракет-носителей "Протон" и "Ангара". По данным следствия, в 2007 году Нестеров вместе с главным бухгалтером центра Михаилом Якушиным, главой ЗАО "Экоправо" Дмитрием Дьяконовым и другими, неустановленными пока лицами, разработал план присвоения вверенных ему денежных средств. В общей сложности на счета "Экоправо" "Центром Хруничева" было перечислено более 285 млн рублей. В результате компании был причинен крупный материальный ущерб.
По решению Басманного суда Якушин и Дьяконов уже находятся под домашним арестом. Свою вину никто из обвиняемых не признает. Срок предварительного следствия по делу продлен до 25 октября.