В августе 2014 года Лопота был освобожден от должности президента РКК "Энергия" - одного из ведущих предприятий космической отрасли России. Позже он занял пост вице-президента Объединенной ракетно-космической корпорации, но вскоре покинул и эту должность. Наблюдатели связывали эту отставку, в том числе, с возбужденным против Лопоты уголовным делом о злоупотреблениях.
По мнению СК РФ, топ-менеджер совершил преступления при предоставлении займов компаниям, участвующим в проекте "Морской старт". Ущерб следователи оценили в 41 миллион рублей.