Первые письменные упоминания о собаках, живущих на территории Якутии, относятся к 1633 году. В этом году был совершен первый морской поход из Лены. Во главе отряда из торгово-промышленного люда стоял енисейский пятидесятник Илья Перфильев. Ему удалось открыть реки Оленек, Яна и Индигирка.
На северо-востоке Сибири все реки делили на «собачьи» и «оленные». Собачьими называли реки богатые рыбой. Там же, где рыбы не было, для транспорта использовали оленей.
Как «особенная порода», которая «является необходимым домашним животным для езды и охоты» якутская лайка была описана в «Руководстве к географии Российской империи 1843 года».
Первое упоминание о численности якутских лаек можно встретить в книге «Статистические таблицы Российской Империи» изданном Министерством внутренних дел в 1856 году. В ней указано, что для езды в Якутской области в те годы использовали 15 157 собак.
В России порода якутская лайка является частью национального достояния. В этом году именно якутская лайка по кличке Арагорн стала победителем экстремальной гонки "Baikal Race 2014" на дистанции 100 км.