Алтайчинова обвиняли в участии в массовых беспорядках (часть 2 статьи 212 УК РФ). По версии следствия, в ходе беспорядков, произошедших на Болотной площади 6 мая 2012 года, он забрасывал бутылками с водой полицейских, стоящих в первом ряду оцепления.
Алтайчинов полностью признал свою вину и подал ходатайство о рассмотрении дела в особом порядке. До этого активист не фигурировал в списках обвиняемых по «болотному делу», но числился среди задержанных.
Всего по делу о беспорядках на Болотной площади проходит около 30 обвиняемых. На данный момент под президентскую амнистию попали шесть человек: Мария Баронова, Николай Кавказский, Леонид Ковязин, Владимир Акименков, Дмитрий Рукавишников и сбежавшая из России в Эстонию Анастасия Рыбаченко.